konsult-med

Analiza genomu w celu rozszyfrowania syntrofii w konsorcjum bakteryjnym „SCP” do degradacji barwnika azowego

Tło:  Konsorcjum bakteryjne SCP składające się z trzech członków bakteryjnych, mianowicie. Stenotrophomonas acidaminiphila APG1, Pseudomonas stutzeri APG2 i Cellulomonas sp. APG4 został opracowany do degradacji barwnika mono-azowego, Reactive Blue 28. Przeprowadzono analizę genomiczną każdego członka konsorcjum SCP w celu wyjaśnienia potencjału katabolicznego i roli poszczególnych organizmów w degradacji barwnika.

Wyniki:  W genomach APG2 i APG4 wykryto geny utylizacji glicerolu, co potwierdziło ich zdolność do wzrostu na pożywce minimalnej zawierającej glicerol jako jedyny kosubstrat. Geny azoreduktazy zidentyfikowano w genomach APG2 i APG4, podczas gdy w APG1 nie można było określić takiej cechy. Oprócz utleniania kosubstratu i redukcji barwników opisano również kilka innych funkcji komórkowych, takich jak chemotaksja, transdukcja sygnału, tolerancja na stres, mechanizmy naprawcze, degradacja aromatów i tolerancja miedzi związana z degradacją barwnika. Postuluje się mannequin degradacji barwnika azowego, przedstawiający dominującą rolę APG4 i APG2 w metabolizmie barwnika, sugerując jednocześnie dodatkową rolę APG1.

Wnioski:  Niniejsze badanie eksploracyjne jest pierwszą w historii próbą ujawnienia genetycznych podstaw kometabolizmu barwników azowych poprzez porównania między genomami i może być wykorzystane jako przykład do wykazania syntrofii drobnoustrojów.

Kinetyka H3.Three przewiduje stan zagęszczenia chromatyny genomów rodzicielskich   we wczesnych zarodkach

Wstęp:  Po zapłodnieniu fuzja gamet prowadzi do powstania totipotencjalnej zygoty. Podczas fuzji plemnik-jajo czynniki matczyne biorą udział w przebudowie chromatyny rodzicielskiej. H3.Three to wariant histonu H3, który odgrywa zasadniczą rolę w embriogenezie myszy.

Metody:  Tutaj użyliśmy transgenicznych wczesnych zarodków wyrażających H3.3-eGFP lub H2B-mCherry, aby wyjaśnić zmiany ruchliwości histonów.

Wyniki:  Zastosowaliśmy analizę FRAP, aby zidentyfikować, że H3.Three przechowywany przez matkę ma bardziej znaczącą zmianę niż H2B podczas przejścia z matki do zarodka. Odkryliśmy również, że frakcja ruchoma H3.3, która może być regulowana przez inkorporację de novo H3.3, odzwierciedla upakowanie chromatyny genomów rodzicielskich w oocytach GV i wczesnych zarodkach.

Wnioski:  Nasze wyniki pokazują, że kinetyka H3.Three w oocytach GV i wczesnych zarodkach jest silnie skorelowana ze stanem zagęszczenia chromatyny genomów rodzicielskich, co wskazuje na kluczową rolę H3.Three w organizacji chromatyny wyższego rzędu.

 Sekwencjonowanie pośmiertne całego genomu na wysuszonej plamce krwi identyfikuje nowy homozygotyczny wariant SUOX powodujący izolowany niedobór oksydazy siarczynowej

Szybkie sekwencjonowanie całego genomu (rWGS) wykazało, że choroby genetyczne są częstą przyczyną śmiertelności niemowląt na oddziałach intensywnej terapii noworodków. Wysuszone plamki krwi zebrane do badań przesiewowych noworodków pozwalają na zbadanie przyczyn śmiertelności niemowląt, które nie zostały zdiagnozowane w ciągu życia. Tutaj przedstawiamy noworodka, u którego w trzecim dniu życia wystąpiły drgawki i encefalopatia, które były oporne na leki przeciwpadaczkowe. Pacjent zmarł w 16. dniu życia po postępującej niewydolności oddechowej i posocznicy. Rodzice stracili dwoje wcześniejszych dzieci po podobnych prezentacjach, z których żadne nie miało ostatecznej diagnozy. Pośmiertne rWGS wysuszonej plamki krwi zidentyfikowało patogenny homozygotyczny wariant przesunięcia ramki odczytu w  SUOX gen związany z wyizolowanym niedoborem oksydazy siarczynowej (c.1390_1391del, p.Leu464GlyfsTer10). Ten przypadek podkreśla, że ​​wczesna, dokładna diagnoza molekularna może potencjalnie wpłynąć na poradnictwo prenatalne i kierowanie postępowaniem w rzadkich zaburzeniach genetycznych, a także ma dodatkowe znaczenie w przypadkach silnej historii rodzinnej i czynników ryzyka, takich jak pokrewieństwo.

 

Pełna   analiza genomu nowo wyizolowanego faga Shigella sonnei vB_SsoM_Z31

Niniejsza praca opisuje charakterystykę i adnotację genomu nowo wyizolowanego faga litycznego vB_SsoM_Z31 (nazywanego Z31), wyizolowanego z próbek ścieków zebranych w Dalian w Chinach. Transmisyjna mikroskopia elektronowa wykazała, że ​​fag Z31 należy do rodziny Myoviridae, rzędu Caudovirales. Fag ten w szczególności infekuje Shigella sonnei, Shigella dysenteriae i Escherichia coli. Genom faga Z31 to cząsteczka dsDNA o długości 89 355 pz z zawartością G+C 38,87%. Przewidywano, że zawiera 133 ORF i koduje 24 tRNA. W tym fagu nie znaleziono homologów genów czynników wirulencji ani genów oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe. Na podstawie wyników dopasowania sekwencji nukleotydów i analizy filogenetycznej faga Z31 przypisano do rodzaju Felixounavirus, podrodziny Ounavirinae.

konsult-med
konsult-med

Kierowanie mitochondrialnego  Genome  poprzez MITO-Porter: Analysis of mtDNA i poziomów mtRNA i mitochondrialnej funkcji

Mutacje genetyczne i defekty w mitochondrialnym DNA (mtDNA) są związane z pewnymi rodzajami dysfunkcji mitochondrialnych, co ostatecznie prowadzi do pojawienia się różnych chorób u ludzi. Aby uzyskać skuteczną mitochondrialną terapię genową, konieczne będzie dostarczenie środków terapeutycznych do najgłębszej przestrzeni mitochondrialnej (matrycy mitochondrialnej), która zawiera pulę mtDNA . Niedawno opracowaliśmy MITO-Porter, nanonośnik na bazie liposomów, który dostarcza ładunek do mitochondriów poprzez mechanizm fuzji błon. W tym rozdziale omówimy metodologię stosowaną do dostarczania bioaktywnych cząsteczek do macierzy mitochondrialnej za pomocą podwójnej funkcji (DF)-MITO-Porter, nanonośnika opartego na liposomach, który dostarcza ładunek za pomocą krokowegoproces oraz ocena poziomu mtDNA i aktywności mitochondrialnej w żywych komórkach. Omawiamy również wyciszanie genów mitochondrialnych poprzez mitochondrialne dostarczanie antysensownego oligonukleotydu RNA (ASO) ukierunkowanego na mRNA kodowane przez mtDNA za pomocą systemu MITO-Porter.

Genom Dryas iulia   wspiera wielokrotne przyrosty chromosomu W z chromosomu B u motyli

U motyli i ciem, które wykazują bardzo zmienne mechanizmy determinacji płci, homogametyczny chromosom Z jest głęboko zachowany i występuje w wielu zespołach genomów. Ewolucja i pochodzenie żeńskiego chromosomu płci W pozostają jednak w większości nieznane. Wcześniejsze badania sugerowały, że system określania płci ZZ/Z0 jest przodkiem Lepidoptera, a chromosomy W mogą pochodzić z chromosomów B sprzężonych z płcią.

Tutaj sekwencjonujemy i składamy żeński genom Dryas iulia w 32 wysoce przylegające uporządkowane i zorientowane chromosomy, w tym chromosomy płci Z i W. Następnie używamy specyficznych dla płci zestawów danych Hello-C, ATAC-seq, PRO-seq i sekwencji całego genomu DNA, aby sprawdzić, czy cechy chromosomu W D. iulia są zgodne z hipotetycznym pochodzeniem chromosomu B. Pokazujemy, że domniemany chromosom W wykazuje sekwencję DNA związaną z żeńską, ekspresję genów i dostępność chromatyny, aby potwierdzić połączoną z płcią funkcję sekwencji W.

Wbrew oczekiwaniom wynikającym z badań homologicznych chromosomów płci, wysoce powtarzalna zawartość DNA na chromosomie W, sama obecność udomowionych powtarzalnych elementów w funkcjonalnym DNA oraz brak homologii sekwencji z chromosomem Z lub autosomami są najbardziej zgodne z pochodzeniem z chromosomu B. dla W, chociaż trudno jest wykluczyć rozległą rozbieżność sekwencji. Analiza syntenii chromosomu W D. iulia z innymi zespołami genomów żeńskich motyli nie wykazuje homologii między chromosomami W i sugeruje, że liczne, niezależne pochodzenie chromosomu W z chromosomu B prawdopodobnie wystąpiło u motyli.